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Metagenómica

La metagenómica se define como el estudio del material genético, el cual es obtenido directamente de muestras ambientales. Éste amplio campo también puede ser conocido como: genómica ambiental, ecogenómica o genómica de la comunidad-

Su propiedad más valiosa es la de caracterizar eficazmente la diversidad genética presente en dichas muestras, obviando las dificultades encontradas en el cultivo en laboratorio de determinados microorganismos.

En qué consiste

1.

Secuenciamos el material genómico presente en la muestra (puede ser una secuenciación masiva de todo, o una secuenciación dirigida a unas determinadas regiones).

2.

Curamos, alineamos y filtramos con el fin de obtener la información que precise el cliente.

3.

Identificamos y semi cuantificamos los microorganismos presentes, determinamos las cepas o analizamos los genes.

Tipos de análisis

Análisis DNA ribosómico 16s

En este caso se trata de datos obtenidos de una secuenciación dirigida. La zona secuenciada corresponde a las regiones variables de la región cromosómica que codifica para el DNA ribosómico 16s. Estas actúan a modo de “código de barras” que permite la identificación taxonómica de los microorganismos presentes en una muestra.

Tipificación multilocus de secuencias (MLST)

Esta técnica consiste en analizar las variantes (los alelos) presentes en determinados genes (los locus) que hay en las bacterias. Según qué alelos tengan se determinará la cepa a la que pertenece la bacteria.

Análisis de genes específicos

De manera muy parecida al análisis de MLST, pero en este caso, buscamos la presencia/ausencia de genes específicos y las variaciones que presenten estos (snps, indels...). Lo más común es el buscar genes de resistencia a antibióticos o microbicidas.

A quién le puede interesar

1. Grupos de investigación clínica

  • Identificar cepas o especies en muestras biológicas de pacientes u hospitales.
  • Identificar genes de resistencia a antibióticos o factores de virulencia en muestras de pacientes u hospitales.

2. Grupos de investigación no clínica (veterinaria, industrial, agrícola) para identificar las especies presentes en muestras de suelo, biorreactores, de tejidos/residuos animales, etc

3. Particulares que quieran determinar la presencia de alguna bacteria u hongo en suelos de cultivo

4. Particulares o grupos de investigación

  • Analizar alimentos para encontrar posibles bacterias patógenas.
  • Determinar la resistencia a diferentes substancias (metales pesados) de las bacterias presentes en sus áreas de trabajo (suelos, reactores, etc.).
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